L'architecture WCM est divisée en deux parties majeures. Pour les deux parties System et Business, la structure des dossiers et la structure de la base de données reflètent cette division.

System contient tous les fichiers et dossiers en dehors du dossier Business. Il n'est pas suggéré de modifier tout fichier à l'extérieur du dossier Business.

Les directives de base sont d'éviter toutes modifications dans le dossier System à l'exeption des fichiers de configuration. En revanche, le dossier Business peut être modifié comme souhaité afin de modifier le comportement des types de contenu (bizobjects) et leurs interfaces utilisateurs respectives.